基层检察院基于提高案件的起诉率、程序复杂、受制于上级院等诸多原因，在新《刑事诉讼法》、《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》生效前，对公安机关移送审查起诉的案件，经审查，退查或者自行补充侦查后，发现符合不起诉条件的，以及犯罪嫌疑人没有犯罪事实的常常以检察建议的形式建议公安机关撤回起诉意见，甚至撤案。新《刑诉法》及《规则》实施后，检察机关对具有此情况的案件应当从新审视，并应当依法改变处理方法，均应以作不起诉处理。

    一、经补查案件仍不符合起诉条件而不做出不起诉的处理方法，于法无据。

    根据原《刑事诉讼法》第一百四十条第四款规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”根据新《刑事诉讼法》第一百七十一条第四款规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”

    由此可知，新《刑事诉讼法》已经将此情况规定为应当作出不起诉决定，而不能不作不起诉决定。

    二、对于没有犯罪事实情形的案件，不能再将案卷材料退回公安机关处理。

    根据原《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第二百六十二条规定：“对于公安机关移送审查起诉的案件，发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关处理；发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。如果犯罪嫌疑人已经被逮捕，应当撤销逮捕决定，通知公安机关立即释放。”根据新《刑事诉讼法》第一百七十三条第一、二款规定：“犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”修订后的《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第四百零一条规定：“人民检察院对于公安机关移送审查起诉的案件,发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者符合刑事诉讼法第十五条规定的情形之一的,经检察长或者检察委员会决定,应当作出不起诉决定。对于犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为,需要重新侦查的,应当在作出不起诉决定后书面说明理由,将案卷材料退回公安机关并建议公安机关重新侦查。”

    由此可知，新《规则》相应地增加了法定不起诉的情形，即对于犯罪嫌疑人没有犯罪事实，都应当作出不起诉决定。不能再按照原《规则》的规定，对犯罪嫌疑人没有犯罪事实的，将案卷材料退回公安机关处理，而一律作不起诉处理。

    值得注意的是，对“没有犯罪事实”的正确理解。根据《<人民检察院刑事诉讼规则（试行）>理解与适用》，没有犯罪事实，包括犯罪行为并非犯罪嫌疑人行为，该案所涉行为依法不构成犯罪，以及根本不存在犯罪行为，即犯罪行为为纯属虚构的等情形。

    三、应当作不起诉而不作的，剥夺了公安机关、案件利害关系人的权利行使。

    根据《刑事诉讼法》第一百七十五条规定：“对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。”《刑事诉讼法》第一百七十六条规定：“对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理 案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。”《刑事诉讼法》第一百七十七条：“对于人民检察院依照本法第一百七十三条第二款规定作出的不起诉决定，被不起诉人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。人民检察院应当作出复查决定，通知被不起诉的人，同时抄送公安机关。”

    由于检察机关没有做出不起诉的决定，公安机关无法根据上述规定行使要求复议权、提请复核权；被害人及其法定代理人、近亲属也无法根据上述规定行使申诉权、起诉权；被不起诉人也无法根据上述规定行使申诉权。

    综上，在审查起诉阶段，传统的将案卷材料退回公安机关处理的方法已经于法无据，检察机关应当依法正确的适用、使用法定的不起诉权，对相关案件作出客观、正确的处理。