同时，针对成果和经费管理不够严格，不利于发挥最大效益的问题，水污染治理专项在成果审查上，对于“多头交账”成果，给予不良信用记录，取消该主持人三年内其承担水专项课题的资格和该单位一年内承担水专项任务的资格，对于专项实施成果，需提供第三方评价意见。在监督检查上，切实落实中期评估和年度监督检查工作，加强对承担单位的考核，委托环保部督查中心对重点流域示范工程开展专项检查，委托地方水专项管理办公室开展结题课题示范工程第三方评估，确保地方配套工程和资金的落实。

　　科技部还要求，针对组织管理不够规范，不利于保证实施进度的问题，水污染治理专项在管理制度上，将尽快修改完善《水体污染控制与治理科技重大专项实施管理办法（试行）》，制订《水体污染控制与治理科技重大专项立项管理办法》，明确工作职责、工作机制以及立项的程序和要求。在合同审查上，将建立四级合同审查机制。实行地方水专项办公室、主题专家组、总体专家组、水专项管理办公室四级审查程序，明确各个审查环节的审查要求和时间节点。在专家队伍管理上，起草了《水体污染控制与治理科技重大专项专家选聘、考核、调整和换届工作细则》（征求意见稿），计划对专家组进行充实调整，加强对专家组的考核。