据了解，祖瑞的丈夫曾任宁夏高官，因此司法机关能否公正办理祖瑞案，成了当时银川街头巷尾的热门话题。后来，最高人民检察院将祖瑞案指定安徽省人民检察院管辖，根据最高人民法院的《指定管辖决定书》，由六安市中级人民法院依法组成合议庭审理此案。2007年11月23日，六安市中级法院作出一审判决：祖瑞犯贪污罪、偷税罪，被判处无期徒刑；非法所得合计1343.2万余元依法予以追缴。

    祖瑞不服判决，向安徽省高院提出上诉，主要提出：贪污罪不成立，适用法律错误；认定偷税罪事实不清、证据不足；量刑过重，要求改判。并申请重新鉴定。

    安徽省高院经审理认为，祖瑞系国有宁夏伊斯兰国际依托投资公司的工作人员，受信发公司实际出资最大股东宁国投公司的聘任，担任信发公司的经理，经营管理信发公司，符合“以国家工作人员论”的身份。其利用管理公司的职务之便，非法侵吞宁国投公司的投资款28.9546万元和应上交的20%利润379.6293万元，合计408.5839万元，其行为构成贪污罪，依法应予惩处；祖瑞作为信发公司直接负责的主管人员，采取伪造、隐瞒财务凭证，制造亏损，安排财务人员少列、不列收入，向税务机关进行虚假纳税申报的手段，致使信发公司偷逃企业所得税934.6164万元，偷税数额达到应纳税额的30％以上，其行为构成偷税罪，依法应予惩处。对祖瑞的上诉请求及其辩护人的辩护意见，既与查明的事实不符，又缺乏证据证实，不予采纳。祖瑞犯贪污罪、偷税罪，依法应数罪并罚。终审裁定驳回上诉，维持原判。